人们将产生霉菌的有毒物质称作真菌毒素(Mycotoxin)，广为人知的有如下两种。
农林水产省对饲料中的真菌毒素设定了如下限制。
关于饲料中的真菌毒素的限制值
（源自农林水产省）
| 通知月日 | 真菌毒素 | 限制对象 | 许可基准 (ppm) |
| 昭和63年(1988年)10月14日 | 黄曲霉毒素B1 | 混合饲料（牛用、猪用、鸡用、鹌鹑用） | 0.02 |
| 混合饲料（哺乳期小牛用、奶牛用、哺乳期小猪用、鸡雏用、笋鸡前期用） | 0.01 | ||
| 平成14年(2002年)3月25日 | 玉米烯酮(Zearalenone) | 饲料中（家畜用） | 1.0 |
| 平成14年(2002年)7月5日 | DON | 饲料中（出生３个月以上的牛用） | 4.0 |
| 饲料中（其他家畜等用） | 1.0 |
在OMIC的实验室（东京、曼谷、波特兰、墨尔本），对这些物质的真菌毒素通过高效液相色谱仪等进行检查。东京实验室已经获得厚生劳动大臣颁发的实施黄曲霉毒素指定检查（产品检查）的许可。
黄曲霉毒素
黄曲霉毒素是霉菌的黄曲霉(Aspergillus flavus)产生的毒素，因在英国引起七面鸟的大量死亡事件（1960）等而得到深入研究。有B1、B2、G1、G2 等类型。B1毒性最强，可以诱发肝癌。厚生劳动省针对黄曲霉毒素在昭和46年（1971年）3月发出了不可检出的通知（B1必须10ppb以下）。厚生劳动省在2011年3月31日的通知中指出，如果在食品中查出黄曲霉毒素（B1、B2、G1及G2的总和）的含量超出10ppb时，按违反卫生法第6条第2号进行处理（2011年10月1日开始实施）。在进口花生等商品时，厚生劳动大臣要求指定检查。
脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON、呕吐毒素）
脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON、呕吐毒素）是因小麦红霉病而出名的霉菌产生的毒素，对胸腺、脾脏、心脏及肝脏有影响，有呕吐、泄痢、头疼等症状。厚生劳动省于平成13年度（2001年度）规定小麦的DON的暂定基准值为1.1ppm。
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